Organy  Sądu:

- Prezes Sądu Rejonowego w Nakle nad Notecią,

- Dyrektor Sądu Okręgowego w Bydgoszczy- działający na podstawie art. 21a paragraf 1 Ustawy z dnia 27 lipca 2001 roku Prawo o ustroju sąd powszechnych.

Prezes Sądu Rejonowego w Nakle nad Notecią -  SSR Bartosz Łapiński

Zadaniem Prezesa Sądu jest:

1. kierowanie sądem i reprezentowanie go na zewnątrz,
2. pełnienie czynności z zakresu administracji sądowej,
3. powierzenie sędziom pełnienia funkcji i zwalnia  z ich pełnienia, po zasięgnięciu wymaganych opinii,
4. przyjmowanie skarg i wniosków z zakresu nadzoru administracyjnego,
5. ponadto jest zwierzchnikiem służbowym sędziów danego sądu.